排放权交易机制中一个非常重要的问题是如何根据所设定的排放总量目标，为交易体系所覆盖的每一个排放主体或排放源分配其可以使用的排放配额，即实现排放配额的初始分配，这是实施排放权交易机制的基础。理论上讲，当交易成本大于零时，不同的产权界定会导致不同的资源配置效率。排放配额的初始配置，事关经济主体对排放空间这种生产要素的配置效率，将直接影响交易体系中各经济主体的成本和收益分布，是建立健全碳排放交易机制的关键环节。建立碳排放权分配机制，需综合考虑碳排放权的分配原则、分配指标、分配方法、分配路径等内容。
碳排放权的分配原则
碳排放权的分配原则首先包括公平原则与效率原则。国际层面上的碳排放空间分配，往往强调公平原则，也是全球气候治理机制的基础原则，但在一个主权国家内部，出于经济发展的考虑，往往更受重视效率原则。公平原则是碳排放权初始分配的首要原则。碳排放分配的公平性既关系到人与人之间的公平关系，也关系到人与自然之间的和谐关系；既要求代内公平，还要求代际公平。国际社会从不同角度对公平原则提出多种理解，比如，国家主权原则，这是根据现行国际法规定各国主权的平等性派生出的一种原则；还包括历史责任原则、支付能力原则、基本需求原则与平等原则，这些原则分别从排放的历史责任、支付能力、人发展的基本需求与人权等角度提出。发展中国家往往强调历史责任原则和平等原则。近几年我国针对碳排放权的初始分配开展了大量理论研究和实践探索，在国内排放配额分配时，充分考虑了全国各地经济发展不平衡、资源禀赋差异等情况，基于历史责任原则、平等原则，乃至支付能力等原则，对碳交易政策实施的社会公平给予了充分考量。
效率原则是指碳排放权的分配应致力于减少乃至消除对经济发展的负面影响。效率原则并非国际间碳排放空间分配的首要原则，通常作为公平原则的补充而存在，在一国之内，效率原则受到的重视程度相对高一些。
碳排放权的分配还要考虑可行性原则。碳排放权的分配会受到各种主客观条件制约，国家和省级碳交易主管部门制订配额分配方案时，要充分考虑温室气体排放情况、经济水平、产业结构、能源结构、数据可获得性等因素，尤其是要与重点排放单位进行充分沟通，获得排放企业的支持，以便顺利推动排放交易政策的执行落实。
碳排放权的分配还应遵循简明原则。一方面，尽量避免行政程序上的复杂性，使碳排放权分配方案操作起来要简单易行。另一方面，要不断探索完善相关的核算方法，力求采用简单易行的分配指标。
碳排放权的分配标准与指标
历史责任的标准受到广泛讨论。温室气体在大气中具有长期滞留性，一个国家或者地区历史排放量越大，承担的减排责任就越大。体现历史责任的重要指标，包括一个国家或地区的碳排放总量和历史累积排放总量，以及人均碳排放量和人均历史累积排放量。
碳排放权的分配方法
碳排放权初始分配方法大体分为无偿分配和有偿分配，其中有偿分配又可分为公开拍卖和定价出售。
第一，无偿分配。无偿分配主要依据历史排放水平，按一定方式，比如祖父制，确定其可无偿获得的排放配额数量。目前我国碳交易国家主管部门根据不同行业的具体情况，参考相关行业主管部门的意见，确定统一的配额免费分配方法和标准。无偿分配的优点是不增加排放主体的成本，易于获得排放主体的支持，利于在相对小的阻力下推进政策的实施。无偿分配也不涉及政府和排放主体之间的费用转移问题。无偿分配的不足也是明显的。排放配额的初始免费分配在不自觉地维护能源密集型企业利益的同时，在一定程度上也损害了非能源密集型企业的利益。此外，如果初始配额分配得过多或不足，则不利于形成健康的碳市场供求关系，碳排放权价格的调节能力也有可能减弱。
第二，有偿分配。有偿分配大体包括公开拍卖和政府定价出售，这两种方式都是从一级市场开始就实现碳排放空间的有偿使用。碳排放权的公开拍卖是指利用市场机制实现碳排放配额在不同主体间的有效配置。从经济学角度看，基于市场机制调节的供需关系和价格水平最有效率，拍卖是实现最低减排成本的最佳途径。但需注意的是，在拍卖过程中，如果部分地区拍卖，部分地区免费分配，则可能出现竞争扭曲，导致碳泄漏或滋生寻租，反而会额外增加排放权的支付费用。定价出售是采用政府主导价格的方式，由政府统一规定排放配额碳在市场上的出售价格。这种方式在碳市场体系不健全、碳价格难以发现的情况下，可以作为一种碳定价的补充方式。随着碳交易体系的不断完善，政府定价要逐渐减弱，让市场在决定碳的初始价格的过程中起决定性作用。
无偿分配和有偿分配不是不相容，二者在一定情况下可配合使用。我国《碳排放交易管理暂行办法》规定，排放配额分配在初期以免费分配为主，适时引入有偿分配，并逐步提高有偿分配的比例。同时还规定，国务院碳交易主管部门在排放配额总量中预留一定数量，用于有偿分配、市场调节、重大项目建设等。有偿分配所获得的收益，用于促进国家减碳以及相关的能力建设。
碳排放权的分配路径
国际碳排放空间的分配，是直接分配给主权国家。在一国内部，碳排放配额最终要分配落实到单个的排放主体。受管理成本以及信息不对称的制约，在碳排放权分配的实践中，往往不易由国家层面直接分配给排放主体，需要通过地方政府、行业协会或者企业等不同的媒介来共同完成碳排放配额的分配，这就形成了不完全相同的分配路径，从目前碳排放交易的实践来看，大体分为两种路径。
一是 “中央政府—地方政府—排放企业”分配路径。该路径也是当前我国在实施碳排放交易时主要采取的排放配额分配路径，依托我国固有的分级行政管理体制实行。在这条路径中，中央政府对碳排放配额的初始分配拥有绝对管理监督权限，除了由中央政府制定相关的标准外，还体现在由国务院碳交易主管部门确定各省、自治区和直辖市的排放配额总量和免费分配的排放配额数量，同时省级碳交易主管部门确定的本行政区内的重点排放单位名单还需上报国务院碳交易主管部门，国务院碳交易主管部门确认后向社会公布。这种分配路径在碳交易市场发展的初期，利于推动全国碳交易市场的统一、规范发展。二是“中央政府—行业主管部门—排放企业”分配路径。这条分配路径更多是在某个行业内部开展。在确定全国碳排放配额后，中央政府根据一定的标准，直接将排放配额分配给某个重点排放行业的主管部门，再经由行业主管部门分配给排放企业。我国开展的“千家企业节能行动”和“万家企业节能低碳行动”都采取了类似的思路。与上面一种分配路径相比，该路径更多反映的是一种垂直路径，事实上是中央政府将排放配额直接分配给排放企业。
