目前，全国碳市场机制顶层设计和建设正在国家发改委气候司领导下开展，涉及全国碳市场政策法规体系、减排总量目标和覆盖范围、配额分配方法、排放监测、报告和核查体系、交易规则和市场监管、登记簿系统、交易平台、碳金融、特殊企业参与碳交易等方面；同时“全国碳排放权交易管理办法”等一系列重要指导性文件也正在制定之中，将为建立全国碳市场奠定基础。
与试点碳市场相比，全国碳市场覆盖范围更加广泛，参与主体情况和市场诉求千差万别，因此，全国碳市场建设将面临更艰巨的挑战。根据全国碳市场建设要求，并结合试点碳市场运行情况，以下为几个全国碳市场建设中应予重视的问题。
首先，如何削弱地区差异性影响。就产业结构而言，2012年我国大陆14个省区市第一产业比重超过全国第一产业比重，海南省第一产业比重最高达到24.9%，而北京、上海第一产业所占比重不足1%；17个省区市第二产业所占比重超过50%，其中青海省比重最高达到57.9%；北京市第三产业所占比重最高，达到76.4%，上海、江苏、浙江、山东等8个省区市所占比重在40%-60%之间，其余省区市第三产业比重较低。就各省区市GDP而言，2012年北京、天津、上海、浙江、江苏、内蒙古六地人均GDP突破一万美元大关，而云南、甘肃省人均GDP仅为3500美元左右；GDP总量较高的省区市是一些GDP总量较低省区市的几倍甚至几十倍；中西部地区GDP增长率普遍高于10%，而东部大部分地区GDP增长率在10%以下。另外，产业结构相似的省区市，GDP总量较大的二氧化碳排放量较大，GDP增速较快的二氧化碳的排放量增速也较快。由此可见，我国各省区市的产业结构、经济发展水平和温室气体排放情况极不均衡。要建立全国碳交易市场并充分发挥其减排功效，必须充分考虑各省区市的差异性，才能在经济稳步发展的同时有效控制温室气体排放，才能体现全国碳市场公平发展原则。
其次，如何发挥政府作用。政府在碳市场的制度设计中起着至关重要的作用，碳市场的制度要素体现了政府意志。在碳市场运行过程中，排放配额的初次分配、排放MRV体系的建立和监管、市场监管、履约保障、登记簿系统的管理和能力建设等都离不开政府参与和政策保障。因此，从某种程度上说政府主导碳市场。但是，政府行政手段对碳市场发展如果干涉较多，很容易产生“一管就死”的现象，使得碳市场发展不能遵循市场经济规律运行，碳市场价格不能真实反映排放权的稀缺程度、市场供求关系和减排成本，弱化了碳市场的市场功能，减弱了碳市场的减排功效。因此，处理好政府和碳市场的关系，在某种程度上决定了碳市场的成败。全国碳市场建设应市场化与行政化结合有度，应以市场化为主导，强化发挥市场功能；政府应为碳市场建设提供强有力的政策支撑和资金撬动，在法律框架下做好对碳市场的监管，在市场需求框架下做好对碳市场的服务。
第三，如何将碳减排目标与节能目标、能源消费总量控制目标挂钩。碳减排可以对节能和能源消费总量控制形成“倒逼”机制，它们相互依托，相互促进。我国碳减排、节能和能源消费总量控制分属不同部门管理，政出多门；各种政策和指标较多，虽各有侧重，但互补性弱、重复度高；政策和部门协调难度大。另外，节能和能源消费总量控制拥有大量政策支持和多种国家补贴，因此，企业可能更愿意选择实施节能目标和能源消费总量控制目标，从而使碳交易的参与度和交易量大打折扣。因此，在建立全国碳市场时，应明确碳减排目标、节能目标和能源消费总量控制目标之间的关系，并通过有效协调机制使各类节能减排目标挂钩，强化政策协调和衔接，这样既可减轻企业的负担，又可进一步促进碳交易市场的快速健康发展。
第四，关于政策性补偿。碳市场是新生事物，目前政策和技术支撑体系还不完善，相关政策和方法学等也不一定科学，是否适应国情还有待进一步验证。例如，配额分配的“历史法”本身就存在“鞭打快牛”的固有缺陷，“基准线法”很难兼顾减排技术水平、行业刚性发展、先期减排成效、现行企业管理体制影响等对配额分配的要求。如果采用这些方法对我国一些特殊的行业企业分配配额，必将引发配额分配的不公平性。因此，应充分考虑政策和技术的固有缺陷，在加强开发适宜我国企业参与碳交易的政策和技术规范的同时，还应实施相关政策性补偿，鼓励企业积极性参与碳市场。
第五，关于价格形成机制。碳交易价格是碳市场与减排有关的所有经济活动的信号。合理的碳交易价格可以促进经济体的低碳转型和优化社会激励机制，反之，可能放大经济发展和减排之间的矛盾。目前，我国7个试点碳市场均没有建立市场化的碳价格形成机制，碳价格不能反映能源价格、减排技术水平、减排成本和市场真实供需情况。另外，与碳市场紧密相关的能源分配市场机制和环境保护市场机制还不完善。因此，必须深入研究全国碳交易市场的价格形成机制，它是成功运行全国碳市场必须探索的关键问题之一。
尽管这些问题可能游离于碳市场制度要素顶层设计之外，但与碳市场制度要素的适应性和可操作性息息相关，在某种程度上可能直接决定碳市场的减排成效。在进行全国碳市场制度要素顶层设计和建设时，应充分考虑全国碳市场的复杂性和特殊性，考虑上述问题对碳市场制度要素的要求，建设具有中国特色的碳交易市场机制。
