经党中央、国务院批准，第二轮第二批7个中央生态环境保护督察组于2020年8月30日至9月1日陆续进驻北京、天津、浙江等3个省（市）和中国铝业集团有限公司、中国建材集团有限公司等两家中央企业开展督察，并对国家能源局、国家林业和草原局等两个部门开展督察试点。截至9月21日，各督察组已基本完成下沉工作任务。
各督察组根据前一阶段督察掌握的情况和聚焦的问题线索，深入基层、深入一线、深入现场，采取暗查暗访和蹲点调研方式开展工作。通过下沉工作，查实了一批违法排污、违规倾倒、毁坏林地、侵占湿地、破坏生态等突出生态环境问题；核实了一批不作为、慢作为，不担当、不碰硬，甚至敷衍应对、弄虚作假等形式主义、官僚主义问题；同时，通过督察与自查相结合等方式，推动了部门督察工作的有序有效开展。各督察组还将推动解决群众反映突出的生态环境问题作为下沉工作的重中之重，现场抽查群众举报问题的整改落实情况，并与人民群众面对面交流，听取意见建议。下沉工作进一步传导了生态环境保护工作压力，并通过回访群众，得到了人民群众的理解和支持。
有关省（市）、部门和中央企业均高度重视督察配合和督察整改工作，积极推进边督边改、立行立改。其主要领导同志通过现场调研督办、召开专题会议推进，以及加强约谈问责和立案查处等方式，大力推动督察配合和整改工作。经过督察双方共同努力，一批群众身边的生态环境问题得到解决；一批整改不到位甚至污染反弹的问题得到查处；一批生态环境违法行为得到及时纠正。
截至9月20日晚20:00，各督察组共收到群众来电、来信举报8791件，受理有效举报6880件，经梳理合并重复举报，累计向相关省（市）、部门和中央企业转办6047件。相关省（市）、部门和中央企业已办结2242件，阶段办结846件。其中，立案处罚470家，罚款4668.59万元；立案侦查25件，拘留30人；约谈党政领导干部120人，问责党政领导干部42人。
