经过60多年的发展，特别是20世纪90年代以后，我国自然保护区的建设取得了长足进步，自然保护区的数量迅速增加，类型日益丰富，面积显着扩大。截止日前，我国现有各类自然保护区共计2771个。自然保护区面积14702.8万公顷，约占国土面积的14.8%。
随着我国各类自然保护区不断发展、建设，面积不断扩大，许多砂石矿山企业被“纳入”自然保护区，我国规定自然保护区内砂石等矿业权将全面清退。
在青山绿水就是金山银山的大方针下，探矿权和采矿权必须全面退出自然保护区已经不可避免。那么，自然保护区内原有的合法矿业权该如何退出，又该如何保障矿业权人的合法权益，现在进展如何呢？
1、自然保护区内矿业权目前存在的问题？
我国的自然保护区建设在取得成效的同时，也存在很多问题。有的保护区划定的不够科学，很多地方为争取上级财政补贴，在没有经过科学论证的情况下，随意申请划定自然保护区；有的因为各种创建活动，过分追求保护区面积的增加等。这些问题的存在，导致部分自然保护区目前仍然存在保护区边界范围不清楚和功能规划分区不明确的问题，这和探矿权、采矿权退出自然保护区息息相关。因为探矿权采矿权退出自然保护区必须界定两个问题：一是要界定探矿权采矿权是不是在自然保护区范围内，二是要界定探矿权采矿权是不是在自然保护区的核心区和缓冲区范围内。
一是自然保护区的边界范围不清楚。根据《自然保护区条例》规定，“自然保护区的范围和界线由批准建立自然保护区的人民政府确定，并标明区界，予以公告。”
但实践中，基于当时申请划定自然保护区的不科学，管理上的粗放和混乱，特别是土地权属的矛盾，导致相当部分自然保护区在建立时没有明确的坐标，自然保护区的边界范围并不清楚。
如果自然保护区的边界范围不清楚，直接导致如何认定探矿权和采矿权是否在自然保护区范围内这个问题的出现。如果不能确认探矿权采矿权在自然保护区范围内，就不能适用自然保护区的相关规定，要求探矿权采矿权退出就缺乏充足的法律依据。
二是自然保护区的功能分区不明确。按照《自然保护区条例》的规定，自然保护区可以分为核心区、缓冲区和实验区。不同的功能分区保护力度是不一样的，其中核心区和缓冲区内范围内不允许建设任何生产设施，严格控制人类活动，实验区范围则允许有一定的生产设施和建设项目。
但实践中我国已有的自然保护区还有相当比例没有明确划分功能区。根据十部门57号文件，要求探矿权采矿权必须退出的是自然保护区的核心区和缓冲区。所以，判断探矿权采矿权是否处于核心区和缓冲区就非常关键，如果自然保护区没有划定核心区和缓冲区，那么认定探矿权采矿权必须退出也是存在争议的。
2、自然保护区的矿业权该如何退出？
无论是目前自然保护区的法律政策还是矿产开发的实际需要，对探矿权采矿权退出自然保护区都应该区别对待，切不可搞“一刀切”的政策。无数次历史经验证明，“一刀切”、“层层加码”的政策往往是矫枉过正，用力过头，无法达到自然保护区和矿产资源开发的利益平衡，无法实现保护生态环境的初衷。
根据《自然保护区条例》的规定，禁止在自然保护区内开矿、采石、挖沙等行为，从矿产资源开发利用的角度，可以看出所禁止的是采矿行为，并没有禁止探矿行为。
《自然保护区条例》第二十七条规定，进入自然保护区核心区的科学研究观测、调查活动应当经自然保护区行政主管部门批准。所以，进入自然保护区的核心区的公益性、基础性地质调查活动，也应当得到自然保护区行政主管部门的批准。但在办理审批手续时，应当通过环境影响评价的程序，来评估地质调查活动对环境造成的影响。
而对采矿权退出自然保护区，可通过两种途径，一、对边界范围和功能分区明确的自然保护区，所有矿业权可一律退出。二、而对边界范围和功能分区不明确，甚至盲目追求“高大上”且没有保护功能的自然保护区，则可以通过调整自然保护区范围的方式使部分采矿权合法化，从而达到“退出”的目的。
前文提到，截止到2015年，我国自然保护区保护面积达到14702.8万公顷，约占整个国土面积的14.8%。矿产资源的赋存地也多在崇山峻岭、奇峰险川之间，和设定的自然保护区的范围多有重叠。环境保护属于公共利益，“环保优先”是一个普遍的原则，任何以牺牲环境保护为代价的经济发展都是不可取的。
但我们也必须认识到，矿产资源开发利用不仅仅涉及矿业权人的利益。矿产资源及能源安全是国家安全的重要组成部分，关系一国的经济安全和社会稳定。目前世界上很多国家都将保障矿产资源安全作为国家资源战略的首要目标。我国政府也明确提出到2020年，基本形成比较完善的能源安全保障体系，能源自给能力保持在85%左右。
所以，涉及到矿产资源开发利用问题时，应当采取“两害相权取其轻”的基本思路，合理评估自然环境生态系统保护和矿产资源开发的利益平衡。特别是针对原来自然保护区设定不科学，保护对象、保护等级和保护区划定范围没有经过科学论证的，应当经过重新科学论证、合理划定；对涉及战略性矿产资源勘查开采的，保护区能够缩小范围或者异地补划面积的，应当调整保护区的范围，为矿产资源开发做好铺垫。
自然保护区的调整是有法律和政策依据的。《自然保护区条例》第十五条第一款规定：“自然保护区的撤销及其性质、范围、界线的调整或者改变，应当经原批准建立自然保护区的人民政府批准。”
2013年国务院印发的《国家级自然保护区调整管理规定》中明确，国家级自然保护区调整包括的范围调整、功能区调整及更改名称，并规定了自然保护区调整的条件、程序和审批等内容。北京、青海、陕西等多个省份也出台了相关规定。
在前述情形均排除的情况下，自然保护区的核心区和缓冲区的采矿权，必须关停退出，涉及政府补偿的，应当给予公平合理的补偿。
3、矿业权退出自然保护区的补偿依据？
探矿权采矿权退出自然保护区的补偿问题，既有理论依据支撑，也有法律政策的保护。
“信赖保护原则”是自然保护区内合法探矿权采矿权退出获得补偿的重要理论依据。信赖保护原则是行政法中最为重要的原则，属于行政法领域的“帝王条款”。具体是指行政相对人基于对行政主体的授益性、合意性、指导性等行政行为的信赖而产生的值得保护的利益，这种行为不得随意撤销或者变更，否则应对行政相对人的合法利益给予补偿。因为行政行为具有确定力和公信力，所以政府要遵循基本的诚信原则，不得随意撤销或者变更原来生效的行政行为，确需撤销或改变行政行为的，对于由此给相对人造成的损失应当给予补偿。
从现有的法律政策来看，我国已经在较为广泛的领域建立了行政补偿制度，比如土地管理、防沙治沙、消防、防洪、水资源利用等方面都有行政补偿的法律制度。《物权法》第一百二十三条规定：“依法取得的探矿权、采矿权、取水权和使用水域、滩涂从事养殖、捕捞的权利受法律保护。”
《行政许可法》第八条规定：“公民、法人或者其他组织依法取得的行政许可受法律保护，行政机关不得擅自改变已经生效的行政许可。行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的，为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可。由此给公民、法人或者其他组织造成财产损失的，行政机关应当依法给予补偿。”这是行政信赖利益保护原则的重要体现，也是探矿权采矿权退出自然保护区应当给予补偿的直接法律依据。
十部门57号文件中也明确提出，“对自然保护区设立之前已存在的合法探矿权、采矿权和取水权，以及自然保护区设立之后各项手续完备且已征得保护区主管部门同意设立的探矿权、采矿权和取水权，要分类提出差别化的补偿和退出方案，在保障探矿权、采矿权和取水权人合法权益的前提下，依法退出自然保护区核心区和缓冲区。”可以看出，中央层面政策文件对合法探矿权采矿权退出也明确是要给予补偿的。
无论是保护区成立之前设立的矿业权，还是保护区成立之后，矿业权人经过合法程序取得的探矿权、采矿权，都是基于对政府信赖形成的值得保护的利益，属于《物权法》、《行政许可法》等法律法规规定的“信赖保护利益”，因政府原因导致利益受损的，应当给予补偿。
4、矿业权退出自然保护区该如何补偿？
我国行政补偿原则没有统一法律规定，不同法律中对补偿原则表述不一。从适应依法行政和建设法治政府的要求来看，公平补偿原则应当作为探矿权采矿权退出自然保护区行政补偿的基本原则。政府及其相关部门出于保护自然保护区生态环境的需要，而使探矿权人采矿权人的合法权益遭受特别损害，能够依据社会上公认的公平理念对探矿权人采矿权人进行补偿。在补偿的范围、标准、方式和程序上做到公平合理，较好地体现了社会公共利益和矿业权人合法利益平衡的补偿原则。
同时，探矿权采矿权退出自然保护区的情形比较复杂，每种情况的具体补偿标准和补偿范围应当单独考量。
对没有完成出让的探矿权采矿权的补偿，主要体现在退还其在取得探矿权采矿权过程中已经缴纳的相关费用，比如探矿权价款、采矿权价款、探矿权使用费、采矿权使用费等。
对到期探矿权，探矿权人不申请延续或者转为采矿权的，探矿权自然终止。如果探矿权人申请延续或者转为采矿权，因自然保护区原因不予办理相关登记的，应当给予探矿权人公平合理的补偿。
对探矿权具体补偿的方法和标准有两个，一是成本补偿法：包括取得探矿权过程中已经缴纳的相关费用，如探矿权价款、探矿权使用费等探矿实际勘查投入，资金占用的成本。二是价值评估法：对探矿权的价值进行评估，根据评估结果给予补偿。其中，处于勘查阶段的探矿权到期的，如果其勘查结果没有探明资源量的，经储量评审认为不应该转为下一勘查阶段或者继续进行投入的，探矿权自然终止，不需要给探矿权人补偿。
这体现了探矿本身属于高风险的投资行为，特别是在普查阶段的探矿行为，如果因为没有探明资源量而造成投资损失，应当由探矿权人自己承担。杜绝那些本来计划主动放弃探矿权，不再打算进行勘查投入的，现在因为自然保护区退出有补偿政策而不再主动放弃，要求政府给予补偿的情形。
对未到期探矿权，被要求强制退出自然保护区的，应当给予探矿权人补偿。补偿的具体标准同上。
采矿权到期的，如果采矿许可证年限和矿产资源开发利用方案确定的服务年限一致的，到期依法办理注销登记手续，不需要给予采矿权人补偿。
采矿权到期的，如果采矿许可证年限短于矿产资源开发利用方案确定的服务年限，采矿权人申请延续，因自然保护区原因不予办理延续登记的，需要给予采矿权人补偿。
对采矿权具体补偿的方法和标准包括两种。一是成本补偿的方法：包括补偿剩余储量对应的价款、矿山基本建设投入剩余年限的折旧费用、资金占用的成本。二是价值评估的方法，对目前的采矿权价值进行评估，根据评估结果给予补偿。未到期的采矿权，被要求强制退出自然保护区的，应当给予采矿权人补偿。具体的补偿的方法和标准同上。
需要指出的是，上述勘查投入和矿山开发基本建设投入，由于不同的勘查技术水平、不同的勘查手段和开发设计方案、实际建设水平等情况，可能投入经费数额差距巨大。具体数额应当经政府相关部门核定或者专业的机构进行审计、评估，充分考虑投资的折旧和摊销性费用。
另外，具体的补偿额度应当考虑矿业权退出自然保护区的公益性以及当地政府的财政承受能力，在公平补偿的原则下综合平衡统筹考量。
需要特别强调的是，探矿权人采矿权人退出自然保护区获得政府补偿，并不能因此免责应当履行的其他义务，比如造成地质环境损害应当履行恢复治理的义务、矿山闭坑中的相关义务等。
5、现在自然保护区矿业权退出进展如何？
2017年7月17日，国土资源部网站发布了《自然保护区内矿业权清理工作方案》，详细规定了清理办法。要求2017年12月底完成清理，并向国土资源部报送保护区内矿业权清理工作的总结报告。以下是各个主要矿业大省两年以来已经陆续执行了清退自然保护区内矿权的政策。
内蒙古
2017年8月3日，《内蒙古自治区人民政府关于印发自然保护区内工矿企业退出方案的通知》（内政发电（2017） 28号 ）用3年左右时间，实现自然保护区内663处工矿企业全面有序退出。2017年7月底前，自然保护区核心区、缓冲区工矿企业立即关停，实验区全部停产停业；2018年12月底，取得阶段性成果；2020年12月底前，自然保护区内工矿企业全面有序退出，自然保护区生态环境得到有效修复。
2018年12月底前，探矿权完成退出70%，采矿权和工业企业完成退出30%；2019年12月底前，探矿权基本全部完成退出，采矿权和工业企业退出率基本达到70%；其余难度较大采矿权和工业企业于2020年12月底前基本完成退出。
河南
2017年7月11日，河南省发布“河南省国土资源厅关于深入学习贯彻《矿业权出让制度改革方案》《矿产资源权益金制度改革方案》精神的意见”（豫国土资发〔2017〕120号）处理好矿产资源开发与生态环境保护的关系。
全省各级国土资源部门要对自然保护区内的矿业权进行全面梳理，建立退出台账，按照立即全面停止勘查、开采行为和“先退出、后补偿”的原则实施退出。自然保护区内已经过期的矿业权，由登记机关按照规定予以公告，并按注销方式处理矿业权登记数据。自然保护区内已经到期且已申请延续的矿业权，由登记机关立即作出不予登记决定。与自然保护区少量重叠的矿业权，由登记机关通知矿业权人立即申请缩减与自然保护区重叠部分，并留足保护带，对废石废渣堆放作出明确环保承诺。此项工作必须于2017年7月25日前完成。
湖南
从湖南省国土资源厅获悉，针对中央环保督察反馈意见，湖南国土部门要求自然保护区内的各类探矿权人、采矿权人全部停止探矿、采矿等行为，暂停为其办理延续与变更工作，全省范围内暂停新设矿权。
四川
2017年7月18日，四川省国土资源厅就加强涉自然保护区和国家公园矿业权整改发出紧急通知。要求根据难易程度、区分轻重缓急，按照立即整改、短期整改、限期整改三类，切实加强对涉自然保护区和国家公园矿业权的整改。对到期未申请延续的、当地政府纳入关闭名单或存在违法违规行为被当地政府作出关闭决定的，以及矿业权人作出承诺自愿放弃矿业权并由当地政府作出退出决定的，国土资源部门应及时逐级上报登记机关申请注销（吊销）矿产资源勘查许可证、采矿许可证；矿业权人已签订退出协议的，立即启动退出程序，国土资源部门应积极配合相关部门，督促矿业权人进行地面设施拆除、井硐封闭以及地表生态植被恢复等工作，及时申请注销矿产资源勘查许可证、采矿许可证，并于年底前整改到位。短期内不能整改到位的，要制定整改时间表、路线图、实施方案和阶段目标，上下联动，合力攻坚，确保限期整改落实到位。
山东
2017年8月2日，山东省关于印发《2017 年环境保护突出问题综合整治攻坚方案》的通知（鲁厅字〔2017〕 35号）。
自然保护区内已取得探矿权、采矿权的矿业权人，一律停止勘查、开采活动，限期有序退出。 自然保护区设立之前已存在的探矿权、采矿权，以及自然保护区设立之后各项手续完备且已征得保护区主管部门同意设立的探矿权、采矿权，分类提出差别化的补偿和退出方案，依法退出自然保护区。 自然保护区内已设置的探矿权、采矿权，其查明、保有的资源储量可作为国家矿产地储备。 自文件下发之日起，严禁在自然保护区内新设探矿权、采矿权，严禁在保护区内进行开矿、挖沙、采石等活动，严厉打击非法勘查开采行为，切实维护生态文明建设。 2017 年年底前，各市对自然保护区内设置的探矿权、采矿权进行核实，制定计划，限期退出。
甘肃
2017年6月19日，甘肃省印发《甘肃省贯彻落实中央环境保护督察反馈意见整改方案》，方案指出认真落实自然保护区管理有关法律法规和规章制度，对自然保护区内已设置的商业探采矿权，限期退出；对自然保护区设立之前已存在的合法探采矿权，以及自然保护区设立之后各项手续完备且已征得保护区主管部门同意设立的探采矿权，分类提出差别化的补偿和退出方案，并组织实施；对不符合自然保护区相关管理规定但在设立前已合法存在的其他历史遗留问题，制定方案，分步推动解决。
广东
2017年5月22日国土资源报消息，广东省国土资源厅研究制订了《广东省国土资源厅关于环境保护督察反馈意见的整改方案》。拟对11宗位于自然保护区内的采矿权吊销证照并进行生态恢复；对3宗与自然保护区存在部分重叠的采矿权责令缩小矿区范围，退出自然保护区；对3宗与自然保护区存在部分重叠的探矿权，责令停止探矿勘查活动，注销探矿权；对1宗不与自然保护区重叠、但位于环保陆域严控区的探矿权，采取责令停止勘查活动，并注销探矿权。下一步将进一步完善审批制度，按照“谁审批，谁负责”的原则，严格审批涉及自然保护区的项目，防止类似情况再次发生。
重庆
2017年2月24日，重庆局制定的《重庆市自然保护区内矿业权差别化退出工作方案》明确，自然保护区内已设置的商业探矿权、采矿权限期退出；自然保护区设立之前已存在的合法探矿权、采矿权，以及自然保护区设立之后各项手续完备且已征得保护区主管部门同意设立的探矿权、采矿权，分类提出差别化的补偿和退出方案，在保护探矿权人、采矿权人合法权益的前提下，依法退出自然保护区核心区和缓冲区；禁止社会资本进入自然保护区探矿，保护区内探明的矿产只能作为国家战略储备资源。
宁夏
2017年1月18日，在规范采矿权管理方面，国土厅要求各级矿政管理部门严格采矿权审批登记管理，各类采矿权原则全部通过宁夏矿业权交易平台公开出让。今后，凡是涉及全区14个自然保护区、风景名胜区内和公路、铁路等周边可视范围内一律不得新设采矿权，以往设置在自然保护区内的采矿权也一律不予办理延续等登记手续，要严格按照国家相关要求限期关闭退出。
云南
2016年11月25日，云南省国土资源厅下发《关于矿业权涉及各类保护区办理登记有关问题的通知》，明确矿业权涉及各类保护区办理登记，国土资源部门必须征求环保、住建、林业、交通、水利5个主管部门同意。
云南厅提出，各州（市）、县（市、区）国土资源局要加强矿产资源规划与土地利用总体规划、土地整治规划的衔接，将自然保护区、风景名胜区、国家公园、三江并流世界自然遗产地、重要饮用水源保护区、基本农田保护区等划定为禁止开采区或限制开采（勘查）区，禁止区和限开区内严禁新设矿业权。
广西
2016年5月26日，广西壮族自治区国土资源厅召开会议，78个自然保护区内矿权将逐步依法退出。广西厅提出，要严格新设矿业权管理，在自然保护区内一律不得新设商业性探矿权和采矿权，已开展前期工作但还未出让、或已出让但尚未办理登记手续的矿业权涉及保护区的，不再出让矿业权或办理登记手续。要依法逐步处置保护区内已设置的商业性探矿权、采矿权，在保障矿业权人合法权益的前提下，依法退出自然保护区核心区和缓冲区。矿业权范围部分与保护区重叠的，扣除重叠部分范围后可办理延续手续。各市可研究探索建立自然保护区矿业权的差别化补偿退出机制。
陕西
2016年3月11日，陕西省政府召开的全省矿产资源开发“三保三治”行动计划动员部署电视电话会，会议指出，“十三五”期间，陕西将加强重要生态区域保护，严禁在国家自然保护区、森林公园、沙化土地封禁区、地质公园、重要湿地、水源保护地等重要生态区域一定范围内新设探矿权和采矿权，对已有的矿业权，区分不同情况，依法限期退出或调整。
青海
青海是最早清退自然保护区矿权的省份之一。2015年青海省国土资源厅对《青海省矿产资源总体规划（2008~2015）》（以下简称《规划》）进行了调整。
一是将原《规划》中划为限制勘查区、限制开采区的自然保护区的缓冲区、实验区划为禁止勘查区和禁止开采区，即自然保护区全部划为禁止勘查区、禁止开采区。二是对涉及与自然保护区重叠的部分重点勘查区、重点开采区进行调整，退出自然保护区。三是对涉及与自然保护区重叠的勘查规划区块、开采规划区块进行调整或撤销。四是对自然保护区已有矿业权进行稳妥有序调整处理。
