2013年第二季度开始，祁连山盈利开始快速上升，一季度归属上市公司股东净利润报同比下跌16.02%，年中报同比上涨314.46%，三季报同比上涨118.49%，年终报同比上涨167.77%。尽管全年净利润涨幅较年中有所收窄，但与行业内上市公司相比盈利涨幅依然可观。
公司盈利大幅增长的主要原因可以从内、外两方面分析：
内因
1、公司新增产能释放，销量增长至营业收入大幅上升
2013年内，祁连山水泥产能新增500万吨，达到2600万吨；混凝土产能新增240万方，达到505万方。新增产能的释放使得公司产品销量大增，水泥及商品熟料销量1898.23万吨，同比增长28.15%；混凝土销量93.29万方，同比增长55.14%。
2、并表公司增加至本期净利润有所增加
公司持有甘肃张掖巨龙建材有限责任公司26%的股权，但2013年将其纳入合并报表范围，年内张掖巨龙为公司录得5074.53万净利润，使得公司净利润有所增加。
3、成本增长幅度小于收入
2013年公司的营业成本同比增长22.39%，低于营业收入同比增幅36.83%，主要原因是一方面生产运行效率持续提高，另一方面节能降耗指标持续向好。2013年公司水泥窑可靠性指标达到95%，台产同比提高3%；吨水泥综合电耗同比降低6度。
外因
区域水泥市场景气度提升是公司盈利大幅增加的外因，相对于水泥行业来讲也是更重要的因素。公司业务发展区域甘肃、青海2013年水泥需求持续旺盛，甘肃全年水泥产量同比增长16.31%，青海全年水泥产量同比增长29.67%（产量增速全国第一）。2013年内，甘肃省境内水泥均价全年上涨40元/吨左右，年末已经成为西北地区水泥价格高谷区域；青海水泥价格也持续保持高位，年末才开始有所下滑。
表1：祁连山产品销售价格及成本比较（元/吨，元/立方米）
数据来源：公司年度报告
2013年公司水泥及商品熟料单位盈利水平显著增加，吨毛利达到87元，高出行业平均水平近20元，比2012年高33元。外部需求旺盛，市场需求量、价齐升；内部新增产能释放，产量增加，平均成本下降。内外两方面因素重叠使得公司2013年盈利大增。
表2：近几年公司盈利指标比较
数据来源：公司年度报告
对比过去几年公司的盈利指标可以看出，2013年公司盈利水平相较于2012年的大幅上涨只是合理回归，这在很大程度上取决于区域行业景气度。与大多数水泥上市公司一样，2012年成为近几年公司盈利水平的一个低峰，2013年摆脱困境重回合理区间。
2014年区域市场高景气度仍有望延续，区域基建投资预计仍将保持较高力度。甘肃省发改委列出2014年重大项目名单，名单确立省列重大项目160个，总投资9043.57亿元，年度计划投资1487.34亿元，与2013年计划名单相比项目数量减少40个，年度计划投资减少63.56亿元，但这对于水泥需求不会有太大影响，按照2013年全省单位固定资产投资水泥消耗量来看，63.56亿的固定资产投资水泥消耗量不到44万吨。公司产能规模的扩大使得在区域市场的主导权更加稳固，同时商品混凝土产能规模的扩大也使得公司在掌握终端客户上有更多的话语权，水泥销售渠道可以得到更多扩展。因此预计2014年公司盈利能力将进一步得到提升。
